La Ley del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad atiende a la conservación de los ecosistemas naturales, terrestres y acuáticos, y los complejos ecológicos de los que forman parte. A este respecto es preciso abordar, por un lado, la conservación y restauración de los ecosistemas y, por otro, las medidas para evitar la fragmentación de éstos. La ley establece que las comunidades autónomas deberán adoptar las medidas necesarias para garantizar la conservación de la biodiversidad silvestre, estableciendo regímenes específicos de protección para aquellas especies silvestres cuya situación así lo requiera y atendiendo preferentemente a la preservación de sus hábitats.
El Catálogo Español de hábitats en peligro de desaparición no se ha instrumentado todavía tal y como dispone la Ley del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad en su artículo 9, aunque se incluye en el desarrollo reglamentario del Inventario Español del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad. Tal como se especifica en el artículo 24 de la Ley, el Catálogo incluirá los hábitats en peligro de desaparición, cuya conservación o, en su caso, restauración exija medidas específicas de protección y conservación.
La fragmentación de los ecosistemas es una grave amenaza que condiciona la conservación de procesos ecológicos completos. Por ello la Ley del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad establece que las Administraciones Públicas deberán prever en su planificación mecanismos para lograr la conectividad ecológica del territorio. Concretamente, prevé que las Administraciones establecerán o restablecerán corredores, en particular entre los espacios protegidos Red Natura 2000 y entre aquellos espacios naturales de singular relevancia para la biodiversidad. Para ello se otorgará un papel prioritario a los cursos fluviales, las vías pecuarias, las áreas de montaña y otros elementos del territorio lineales y continuos.