En el año 2003, la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha creó, a través del Decreto 286/2003, la Reserva Fluvial Sotos del río Milagro, en los términos municipales de Retuerta del Bullaque (Ciudad Real) y las Ventas con Peña Aguilera (Toledo). La Reserva cuenta con una superficie de 939,30 ha, de las cuales 931,50 ha están protegidas dentro de la Red Natura 2000. En el caso de los Sotos del río Milagro, la declaración se basó en la existencia e interés para la conservación de diversas “Galerías fluviales arbóreas y arbustivas, formaciones de herbáceas palustres, comunidades anfibias y acuáticas de humedales estacionales, céspedes sumergidos de algas carófitas, juncales subhalófilos, etc.”.
La propuesta de Reserva Natural Fluvial del río Milagro incluida en el Plan Hidrológico del Guadiana, comprende la práctica totalidad del cauce del río Milagro, antes de su desembocadura en el embalse de la Torre de Abraham. Cuenta con una longitud de 22,06 km, dentro de los municipios de Retuerta del Bullaque (Ciudad Real) y Las Ventas con Peña Aguilera (Toledo).
La cabecera del Río Milagro es un ejemplo representativo de los ríos de baja montaña mediterránea silícea. El régimen hidrológico es pluvial mediterráneo, temporal o estacional y conserva inalteradas sus características naturales.
El río Milagro discurre por el fondo de un valle, con una llanura de inundación amplia y de escasa inclinación, relleno de depósitos aluviales en forma de conglomerados, gravas y arenas, geomorfología típica de las rañas. El trazado en planta varía entre recto, sinuoso, meandriforme y divagante.
La vegetación ribereña está representada principalmente por los taxones típicos de las fresnedas hidrófilas sudoccidentales con un alto grado de naturalidad en la que no se han detectado especies alóctonas. Entre los mamíferos se han constatado la presencia abundante en los tres ríos de la nutria (Lutra lutra).