La red Natura 2000 proporciona múltiples beneficios a la sociedad en forma de bienes y servicios que tienen un gran valor.
Además de desempeñar un papel crucial en la protección de la biodiversidad de Europa, los lugares Natura 2000 proporcionan una amplia gama de beneficios y servicios ambientales para la sociedad. Contribuyen a la depuración del agua, el almacenamiento de carbono y la protección contra las inundaciones y la erosión. Albergan también poblaciones de especies que son económicamente importantes, como insectos polinizadores, controladores de plagas, especies cinegéticas y variedades silvestres de cultivos,
En Europa se han llevado a cabo un número limitado de estudios y análisis sobre los beneficios económicos de la Red Natura 2000, pero todos concluyen que dichos beneficios superan con creces los costes asociados a la gestión de la red.
En Escocia, se ha calculado que a nivel nacional los beneficios que se obtienen de la red Natura 2000 superan siete veces los costes. En Francia se han llevado a cabo varios estudios para determinar las ventajas asociadas a Natura 2000 en una serie de lugares. El objetivo de la evaluación es estimar los beneficios netos vinculados a la gestión de la red Natura 2000. En el lugar Natura 2000 “Plaine de la Crau”, los beneficios netos se estiman alrededor de 142€/ha/año, es decir siete veces superiores a los costes asociados al lugar.
En 2009, se realizó en Finlandia una evaluación nacional del impacto económico del ecoturismo y las actividades de ocio asociadas a la naturaleza sobre las distintas economías locales. Los ingresos totales anuales asociados a los gastos de los visitantes en los parques nacionales (muchos de ellos pertenecientes a la red Natura 2000) alcanzan unos 70 mil millones de euros y generan empleo local para 893 personas/año. En general, se estima que 1€ de inversión pública en las zonas protegidas, genera como contrapartida unos 20€ de beneficio.