La Red Natura 2000 está compuesta por las zonas designadas en aplicación de la Directiva Hábitats, por albergar tipos de hábitat naturales de su Anexo I y hábitats de especies de su Anexo II, y por las zonas designadas en aplicación de la Directiva Aves, por albergar especies de su Anexo I u otras especies migratorias de llegada regular. Los procedimientos de selección y designación de ambos tipos de zonas son diferentes.
La designación de un espacio como Zona Especial de Conservación (ZEC) requiere un largo proceso técnico y administrativo.
Cada Estado miembro de la UE propone, para cada una de las regiones biogeográficas y marinas por las que se extiende, una lista nacional de los lugares que pueden ser considerados de importancia comunitaria. Esas listas se elaboran de acuerdo con los criterios de selección establecidos en el Anexo III de la Directiva Hábitats, que permiten identificar los lugares que pueden formar parte de la Red Natura 2000 para garantizar la conservación, en un estado favorable, de los tipos de hábitat y las especies incluidos, respectivamente, en los Anexos I y II de la Directiva, así como para mejorar la coherencia de la Red, y evaluar a nivel nacional la importancia relativa de cada uno de esos lugares para cada tipo de hábitat natural del Anexo I y cada especie del Anexo II de la Directiva.
A partir de las listas nacionales remitidas por los Estados miembros, la Comisión Europea elabora, en colaboración con los Estados, una propuesta de Lista de Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) para cada una de las regiones biogeográficas y marinas en que se dividen el territorio de la Unión Europea y los mares que bañan sus costas. Esas propuestas de listas son presentadas entonces a la consideración del Comité Hábitat y, en caso de que el dictamen del Comité sea favorable, son finalmente aprobadas por la Comisión.
Tras la aprobación de las Listas de LIC por la Comisión, los Estados tienen la obligación de designar esos Lugares como Zonas Especiales de Conservación lo antes posible y como máximo en un plazo de seis años y deben adoptar las medidas de conservación necesarias que respondan a las exigencias ecológicas de los tipos de hábitat naturales del Anexo I y las especies del Anexo II que albergan.
A diferencia de lo que sucede con la Directiva Hábitat y las ZEC, la Directiva Aves no prevé un procedimiento normalizado para la selección y la designación de las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA). En todo caso, la identificación y selección, por parte de cada Estado miembro de la UE, de esas Zonas debe estar enteramente basada en criterios científicos. La Comisión Europea utiliza como base de referencia el inventario de Áreas Importantes para las Aves realizado por BirdLife International.
Las ZEPA son designadas directamente por los Estados.