Los cambios en el régimen de temperaturas y precipitaciones debidos al cambio climático tienen fuerte influencia sobre las masas de agua. Sus efectos más directos son la modificación de las condiciones del agua tales como su temperatura, el régimen hidrológico, el oxígeno disuelto, la acidez, la concentración de nutrientes y la de otros contaminantes. Este cambio de condiciones genera alteraciones en el ecosistema acuático que se reflejan en el estado ecológico, cuya intensidad y gravedad dependerá de la sensibilidad y respuesta de las distintas especies presentes en el medio hídrico.
El Subprograma de referencia es óptimo para el seguimiento de los efectos del cambio climático en el estado ecológico de las aguas. De hecho, uno de los objetivos de este es detectar tendencias a largo plazo en el estado de las aguas debidas a cambios en las condiciones naturales. Los puntos de muestreo se ubican en masas de agua inalteradas y sin presiones antropogénicas significativas. Por ello, además de ser más vulnerables, permiten identificar las alteraciones atribuibles potencialmente al cambio climático. En principio, los indicadores establecidos en el RDSE para evaluar el estado ecológico permiten estudiar la respuesta de los ecosistemas acuáticos al cambio climático.
No obstante, al objeto de profundizar en sus efectos, el análisis estandarizado se está complementando con una serie de estudios específicos que reflejan mejor la respuesta del medio hídrico al cambio climático. Dichos estudios suponen aumentar el nivel de resolución taxonómica, analizar mejor la eutrofización o controlar mejor las especies invasoras, entre otros. Así, determinar hasta especie para ciertos invertebrados bentónicos permite conocer su tolerancia a la temperatura; controlar con precisión los fenómenos de proliferación de algas permite determinar su composición, frecuencia o adelanto estacional de los mismos; finalmente, un mayor seguimiento de las especies invasoras –tanto de flora como de fauna- permite valorar si proceden de climas cálidos.
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